中华路第三小学创办于20世纪初，原名仓基小学。创办人陈懋言。抗日战争胜利后称“仓基国民学校”，1951年改名为中华路第二小学，蓬莱区和邑庙区合并后改为南市区中华路第三小学。学校向西三百米左右是明代科学家徐光启的故居。1956年群学会小学并入，1975年乔家路小学和小南门小学并入，1995年中华路第二小学并入，2002年篾竹路第一小学并入。1975年新建钢筋混凝土结构五层教学楼，1994年新建钢筋框架结构四层教学楼，后被部分拆迁，现学校占地面积4811M2。
解放后，历任校长有丁琛、季锡麟、嵇才撰、张彦、朱鹤亭、钱岳晁、柳芝玲、曹仲方等，现任校长是黄兰宁。
学校早在九十年代初构建“10”系列工程，注重爱国主义教育。1996年起，曹仲方校长就对爱国主义教育进行系统研究，1991年10月，按照江总书记的指示信和国家教委要求，构建了《中华路第三小学“10”系列工程实施细则》。1992年11月在江总书记主持召开的“加强精神文明建设座谈会”上，曹校长汇报了此项工作后总书记与校长亲切握手。此后学校德育工作不断加强并更具特色。
近三年来，随着中小学第二期课程教材改革的不断推进，学校以“小学英语教学走向校园，走向生活研究”为切入口，以“让我们的孩子在全面发展基础上成为外语优秀、个性丰满的学生;让我们的教师成为德艺双罄的教学专家;让我们的学校成为培养‘国际地球人’的摇篮”宗旨，扎扎实实进行双语教学实验与研究，从“维持”到“效能”，从“外控”到“校本”，从“教学研究”到“课程建设”，正在走出一条自觉自动的双语教学之路。
一九九四年以来，学校先后共有思想品德、语文、英语、科常、劳动技术学科带头人6名，目前有95名教职工，青年教师占65%，其中中学高级教师2名，小学高级教师47名。他们勤于探索，积极承担双语教学实践活动，教学工作成绩显著。自1986年以来，毕业班学生都以合格成绩进入高一级学校。学校在社区、家长中享有较高的声誉。